Aunque resuelva el reto de obtener datos de alta calidad, no se puede realizar una buena ciencia de datos con una base de datos desorganizada o mal estructurada.
La decisión más importante que debe tomar una institución para optimizar el uso de datos, es la nube de alojamiento. Un almacenamiento ineficiente puede limitar el acceso y la disponibilidad de los datos para su uso inmediato. Una base de datos demasiado grande y al cual acceden varios usuarios al mismo tiempo puede ser lenta y dificultar el acceso a la información si no es escalable o de un tamaño adecuado.
Otro punto importante en la elección de tecnologías y de la propia organización de las bases de datos es la preparación de los equipos técnicos y de front-office para lidiar con la estructura y el lenguaje de programación elegido. En algunos casos, basta con un entrenamiento relativamente rápido para que los equipos estén preparados. En otros, puede haber profesionales valorados por la administradora que no tienen una base conceptual para afrontar de manera eficiente la tecnología elegida, lo que hace que todo el proceso sea más lento y susceptible a errores humanos.
La forma de organizar los datos debe permitir a los usuarios encontrar la coherencia entre la información y tratarla internamente para que sirva a diferentes funciones, como la elaboración de modelos económicos, la generación de ideas de negociación o la estructuración de nuevos productos.